Phụ thân của Mộ Dung Phục Doãn là Mộ Dung Khoa Lã- một khả hãn có tính khí thất thường và trị vì trong khoảng thời gian 540-591, thậm chí ngay cả các hoàng tử của ông ta cũng lo lắng về tính mạng của mình. Trong mối quan hệ với triều đại Trung Hoa, sau khi có mâu thuẫn giữa nhà Tùy (dưới thời Văn Đế) và nhà Trần (dưới thời Trần Thúc Bảo), Khoa Lã liên tục tấn công vào các châu của Tùy giáp với Thổ Dục Hồn, song sau khi Tùy diệt Trần vào năm 589, Khải Lỗ lo sợ và bỏ trống vùng biên giới, Khoa Lã qua đời vào năm 591 và người kế vị là Mộ Dung Thế Phục- huynh trưởng của Mộ Dung Phục Doãn, Thế Phục quyết định khuất phục Văn Đế và còn đưa một người con gái sang làm thiếp của Văn Đế song Văn Đế từ chối. Sau đó là một khoảng thời gian hòa bình giữa Thổ Dục Hồn và Tùy. Vào năm 596, Văn Đế phong con gái của một thành viên hoàng tộc làm Quang Hóa công chúa và gả cho Mộ Dung Thế Phục.[1]

Năm 597, Thổ Dục Hồn đại loạn, quốc nhân giết Mộ Dung Thế Phục bị sát hại. Các thần dân lập Mộ Dung Phục Doãn làm khả hãn. Ông cử các sứ thần đến Tùy để giải thích việc phế lập và xin được cho phép kết hôn với Quảng Hóa công chúa theo phong tục Thổ Dục Hồn. Văn Đế chấp thuận. Ông và Quảng Hóa công chúa sau này có ít nhất một người con trai là Mộ Dung Thuận.[2]